跨境物流成本较高。虽然跨物流效率大大提高，但是跨境物流的成本依然较高，以国内物流为例，国内物流每公斤十元左右，而跨境物流成本则需要一百元。这主要是由于跨境电商存在物流环节、产业链覆盖以及运输及时间成本等方面。

对于跨境物流而言，由于其跨国性的特性对物流企业提出了更高、更严格的要求。第三方物流企业作为供应链上的一环，需具备提供更和到位的物流服务的能力。在整个交易过程中只有雇主和第三方物流企业等主要参与者目标一致、共同努力才能把有效地降低供应链风险，实现共赢。

但邮递小包在实际操作的过程中还存在较多的问题，：一包裹运输时间过长。邮递小包的运输时间大部分是根据出发地与目的地距离的长短而决定的，另外通关时间较长，会直接影响到买家对卖家的印象；二运送的商品类型有限。现阶段邮政小包能够运输的商品主要是一些轻工业的商品，例如电子零件、服装以及食品等。但是对一些特殊的商品如液体类的商品与粉末状的商品就无法进行运输；三对商品的运输跟踪能力较差。如果没增设挂号，商品不能实现实时动态跟踪。

国际快递。以四大国际巨头物流运营商(UPS \Fedex \DHL\TNT)为主的国际快递，具有良好服务质量、运送时间快等优势，但其同样具备与其对等的高费用缺陷。3)专线物流。跨境专线物流是指货物利用航空包航的方法向国外运送，随后与其他当地公司合作向进行货物运送。相比国际快递，专线物流费用低;相比邮政小包，专线物流速度快，但其缺陷主要集中于覆盖范围小。